Yozgat Bozok Üniversitesi, Bakanlar Kurulunun 01/03/2006 tarih ve 5467 sayılı, 17/03/2006 tarihli Resmi Gazete’de yayımlanan kararı ile kurulmuştur. Üniversitemiz; 2006 yılında müstakil olarak kurulmuş olsa da altyapısı çok eskilere dayanmaktadır. Yozgat İlinde 1982 yılında Erciyes Üniversitesine bağlı kurulan Yozgat Meslek Yüksekokulu ile 1989 yılında Gazi Üniversitesine bağlı diğer bir Meslek Yüksekokulu, Üniversitemizin temelini oluşturmaktadır. Bu iki meslek yüksekokulu 1994 yılında birleştirilerek Erciyes Üniversitesine bağlanmıştır. Erciyes Üniversitesine bağlı olarak 1992 yılında Mühendislik- Mimarlık Fakültesi ve Ziraat Fakültesi, 1994 yılında Fen-Edebiyat Fakültesi, İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi ve 1996 yılında da Sağlık Yüksekokulu kurulmuştur. Akdağmadeni MYO 1997 yılında Cumhuriyet Üniversitesi’ne bağlı olarak faaliyete geçmiştir. 2006 yılına kadar Erciyes ve Cumhuriyet Üniversitelerine bağlı olarak eğitim-öğretim veren fakülte ve yüksekokullar Bozok Üniversitesine bağlanarak müstakil bir yapı kazanmıştır.
Üniversitemiz; Yozgat ili, Merkez ilçesi Atatürk Yolu üzerinde 4070 dekarlık bir alanda Erdoğan Akdağ Doğu Kampüsü ve Bilal Şahin Batı Kampüsünde yer almaktadır. Merkez Yerleşkesine ek olarak Yozgat merkezde Rektörlük Protokol Binası, Diş Hekimliği binası, Esentepe Mevkii’nde yerleşkeleri bulunmaktadır. Merkez dışında ise; Sorgun, Akdağmadeni, Yerköy, Boğazlıyan, Şefaatli, Çekerek ve Sarıkaya ilçelerindeki yerleşkeleri ile birlikte 7632 dekarlık bir alanda, eğitim- öğretim ve araştırma faaliyetlerini sürdürmektedir.
Kuruluş aşamasını tamamlayarak gelişimine hız kazandıran Üniversitemiz; 2006-2007 Akademik yılında 4 Fakülte, 1 Yüksekokul, 2 Meslek Yüksekokulu ve 2 Enstitü ile başladığı eğitim-öğretim faaliyetlerine, 2021-2022 eğitim- öğretim yılında 14 Fakülte, 4 Yüksekokul, 8 Meslek Yüksekokulu, 2 Enstitü, 1 Araştırma ve Uygulama Hastanesi, 15 Uygulama ve Araştırma Merkezi, 1 Teknopark, 1 Teknoloji- Transfer Ofisi ve Rektörlüğe bağlı 4 bölüm ile devam etmektedir.
Kurulduğu 2006 yılından bu yana üniversitemiz insan kaynakları açısından da oldukça gelişmiştir. 1000’e yakın akademik personel, 1000’den fazla idari ve destek hizmet personeli ile faaliyetlerini devam ettirmektedir. Öğrenim gören öğrenci sayısı on dört yıl içinde yaklaşık %400 artarak 20.000’leri geçmiştir.
Üniversitemiz 2020 yılında Yükseköğretim Kurulu tarafından yürütülen "Bölgesel Kalkınma Odaklı Misyon Farklılaşması ve İhtisaslaşma Projesi" kapsamında Üniversitemiz, “Sürdürülebilir Biyomalzeme ve Biyoenerji için: Endüstriyel Kenevir” başlıklı projesi ile “İhtisaslaşan Üniversiteler” arasına girmiştir.